Добрый день.
Вы забыли уточнить, в одном ли регионе находятся все три квартиры. И нужно ещё читать региональный закон о ПСН - возможно в нём дифференцированы условия применения патента по муниципальным образованиям. Если условия действительно различаются, спокойно можно совмещать УСН и ПСН:
В отношении одного и того же вида деятельности, осуществляемого в разных регионах, предприниматель вправе применять ПСН и УСНЕсли же все три объекта расположены рядом и расчёт стоимости патента по ним абсолютно одинаков, возникает неоднозначный, спорный момент. О чём Вы уже выше упомянули и сами.
Я нашла разъяснение, где Минфин разрешает совмещать:
Цитата: В соответствии с подпунктом 19 пункта 2 статьи 346.43 Налогового кодекса Российской Федерации (далее - Кодекс) ПСН может применяться в отношении предпринимательской деятельности по сдаче в аренду (внаем) жилых и нежилых помещений, дач, земельных участков, принадлежащих индивидуальному предпринимателю на праве собственности.Согласно статье 346.43 Кодекса ПСН применяется индивидуальными предпринимателями наряду с иными режимами налогообложения, предусмотренными законодательством Российской Федерации о налогах и сборах.Пунктом 1 статьи 346.11 Кодекса установлено, что УСН применяется индивидуальными предпринимателями наряду с иными режимами налогообложения, в том числе ПСН.Таким образом, Кодекс не содержит запрета на совмещение налогоплательщиками УСН и ПСН.При этом исходя из положений статей 346.24 и 346.53 Кодекса индивидуальными предпринимателями, применяющими УСН и ПСН, ведется раздельный учет доходов и расходов от деятельности в рамках УСН - в книге учета доходов и расходов организаций и индивидуальных предпринимателей, применяющих УСН, и доходов от деятельности в рамках ПСН - в книге учета доходов индивидуальных предпринимателей, применяющих ПСН.Одновременно сообщаем, что настоящее письмо Департамента не содержит правовых норм, не конкретизирует нормативные предписания и не является нормативным правовым актом. Письменные разъяснения Минфина России по вопросам применения законодательства Российской Федерации о налогах и сборах имеют информационно-разъяснительный характер и не препятствуют налогоплательщикам руководствоваться нормами законодательства Российской Федерации о налогах и сборах в понимании, отличающемся от трактовки, изложенной в настоящем письме.
Но, с учётом последнего абзаца письма, всё же надёжнее было бы заручиться подобным ответом, адресованным лично Вам.